- Proses perkuliahan di program doktor terdiri atas perkuliahan tatap muka dan studi mandiri (independent study)
- Pada semester 1, mahasiswa program doktor wajib mengikuti 3 Mata Kuliah Wajib, masing-masing 2 SKS, yaitu: (1) Filsafat Ilmu dan Metodologi Penelitian, (2) Teori Perencanaan Lanjut, dan (3) Teori Keruangan Lanjut dalam bentuk kegiatan perkuliahan tatap muka di kelas dan dilaksanakan selama 14 minggu
- Pada semester 2, mahasiswa program doktor wajib mengambil Mata kuliah Pilihan, masing-masing 2 SKS (total 6 SKS). Mahasiswa juga dapat mengambil 1 atau 2 matakuliah tambahan yang masing-masing 2 SKS bila diperlukan. Pelaksanaannya dalam bentuk studi mandiri/independent study menyesuaikan dengan topik penelitiannya masing-masing.
Studi mandiri dapat dilakukan dengan beberapa kombinasi kegiatan, yaitu:
- Review jurnal-jurnal yang relevan
- Review text book mutakhir yang relevan
- Mengeksplorasi "state of the arts" perkembangan topik terkini sesuai dengan mata kuliah yang diambil
- Mempresentasikan paper di seminar-seminar
- Hasil konkrit berupa:
- Rangkuman hasil review jurnal yang dilampiri dengan salinan jurnal-jurnal asli yang direview, yang diseminarkan di tengah semester dan di akhir semester
- Naskah seminar di tengah semester yang telah disetujui Tim Promotor dan/atau dosen pengampu matakuliah pilihan wajib
- Naskah seminar di akhir semester yang sudah disetujui Tim Promotor dan/atau dosen pengampu matakuliah pilihan wajib.
- Junlah pertemuan untuk tiap mata kuliah sebanyak 14-16 kali, menyesuaikan dan diatur sendiri oleh dosen bersama mahasiswa
- Di setiap pertemuan perkuliahan (termasuk pada semester 1), dosen menandatangani menandatangani formulir presensi dan menuliskan aktivitas yang dilakukan (formulir dan log-book yang dibawa oleh mahasiswa) dengan pengawasan dari ketua dan sekretaris Program Studi Doktor Perencanaan Wilayah dan Kota